Se dijo que era uno de los mejores (si no el mejor) defensa central de toda Sudamérica, y así llego a la capital, con ese cartel de líder. Sus sorprendentes estadísticas en el Mundial de Francia 98′ en las que se reflejaba que no había cometido ni tan sola falta en todo el torneo mundialista hicieron que los mejores clubes de la época lucharán por su fichaje.
Por suerte, aunque en este caso por desgracia, fue el Atlético de Madrid quien negocio el fichaje, y el paraguayo acabando vistiendo de rojiblanco. El equipo, con él y su compatriota Celso Ayala como centrales, descendió a segunda división al final de la temporada 99/00. Tras el descenso, Gamarra y su gran inseguridad defensiva abandonaron la entidad colchonera.
